C’était une vaste église de pèlerinage longue de 86 mètres, conçue pour accueillir des milliers de pèlerins, dont l’affuence pittoresque était célèbre durant la nuit de la Saint-Jean. Elle comportait une avant-nef fortifiée, une nef et un transept romans, un chœur et un chevet gothiques, avec déambulatoire et chapelles. Sous celui-ci s’étendait une crypte romane. Le chœur était encadré par deux hauts clochers. On comptait quatorze autels et une douzaine de tombeaux sculptés, dont ceux de Bouchard le Vénérable et de Pierre de Chevry. Les nombreux vitraux du 13e siècle étaient ornés des figures des saints et des prophètes.
Après avoir franchi le portail actuel (ancien portail du Petit Condé), on reconnaît au sol le tracé de l’avant-nef (pavés) puis les murs et les piliers de l’église (haies), dont ne sont visibles qu’un pilier gothique et quelques murs. D’autres vestiges sont enfouis à plus de deux mètres de profondeur.