Le logis abbatial, situé à l’emplacement du corps principal de la maison de retraite, avait été reconstruit au 15e siècle. Il comportait des caves voûtées et des plafonds ornés des armoiries des abbés. Il était flanqué de tourelles et dominait le bras de Marne dit de saint Babolein. À la fin du 16e siècle, il avait été occupé et transformé par la princesse de La Roche-sur-Yon. Il a disparu en 1966. Il subsiste un aqueduc souterrain sous la cour.