Dès 1860-1861, une fouille sur l’église abbatiale localise son emplacement originel ainsi que sa crypte et son escalier. Les différentes découvertes de murs, de l’avant-nef, de la nef, du transept et de l’abside, permettent de préciser le plan de cette église. Des carrelages de terre cuite vernissée du Moyen Âge sont plusieurs fois mis au jour.
Les abords de l’église ont également révélé un bâtiment alors inconnu et la zone de contact avec le cloître. Lors de ces différentes interventions, plus d’une trentaine de sépultures sont découvertes. Sept sépultures en caisson ont, par exemple, été mises au jour dans l’avant-nef en 1933 et une vingtaine en 1983.